经过与妖风一战，道云受伤颇重，不过大部分伤势都是强行牵引炽皇分身的力量所造成的。真正被妖风打出的伤势并不重，两个活血下去，差不多就回复正常了。
经此一役，岐黄之术等级提升到了十五级。道云觉得此时推气过宫应该可以同时作用在两个人的身上了。
接下去的剧情按部就班，道云将新手剧情全部做完后，提升到了凡境三重天巅峰的境界，大概相当于游戏中的25级。
余下的升级方式有些枯燥乏味。道云本尊干脆中断了与上清道云分身的联系，任由其自己发展。转而投入玉清道云的世界中去了。
1962年，美国国防部和其下属高级计划署秘密成立了一支特殊部队，名为“黑色守望”；其成立初衷是使用生化战抵御美国的一切威胁以及海外敌对势力，该部队一切行动都属于绝密。1963年，黑色守望的研究人员发现了一种病毒，在灵长类动物身上进行的实验表明，通过DNA的融合，该病毒可以在基因层面上大大提高物种的智力、力量等等身体要素，他们将该病毒命名为DX-1118。随后，以该病毒为中心的“黑光”计划展开。
1964年，黑光计划正式开始，黑色守望部队在美国爱达荷州建立了一座小镇，名为“希望”，并将一批阵亡士兵的家属迁居此地。他们谎称该处是用于模拟核战之后人类聚居区的实验场地，而被蒙在鼓里的军属们却对真正的计划一无所知。黑色守望对居民注射了病毒，此时的病毒似乎对感染人群没有起到丝毫作用。1965年，希望镇上的第一名婴儿出生，其父母身上被注射的病毒在婴儿体内产生的变异对婴儿本身似乎也没有影响。然而一切的平静都在1968年8月被打破了，希望镇突然爆发疾病，黑色守望随即将全镇封锁，将近70%的居民被感染，剩下的人则被隔离在镇内等死。将近一年人间地狱般的日子过去，到了1969年7月，除一人以外，希望镇上四百多名居民全部死亡。唯一的生还者名为ElizabethGreene，而她在被发现时已经怀有身孕。
黑色守望的清除行动随即开始，他们将ElizabethGreene带走，并用核弹将整个希望镇夷为平地。当时负责清除行动的是PeterRandall中尉，他在强行带走ElizabethGreene的时候被她抓伤了手臂，Randall为制止感染，毫不犹豫自断左臂，而且他还因为湮灭证据有功而晋升为少校，并在后来成为将军，成为了黑色守望的最高指挥官。希望镇事件发生之后，黑光计划停止，黑色守望部队的最高宗旨被更改为“探查并消灭美国国土上的一切未知病毒活动，不论人为或自然原因”。
ElizabethGreene在次月被转往位于马里兰州迪崔克堡的黑色守望基地，并在那里产下一名男婴，黑色守望赋予其代号PARIAH，并将其从母亲身边带走。Greene在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有证据显示，她在此期间没有成长发育，没有流汗，没有肌肉抽搐，甚至没有眨眼，处于完全静止的状态，好像在等待着什么。
时间到了1989年，RaymondMcMullen博士创立了GENTEC，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清DX-1118病毒的价值，于是重启黑光计划，并将ElizabethGreene转至简泰克的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种。并在后来招募了“主角”艾力克斯莫瑟，以及后来成为莫瑟女友的凯伦。之后，黑色守望发现简泰克重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的莫瑟为了一己私欲，在凯伦的协助下窃取了一小瓶病毒样本并逃离，却在车站遭遇了前来拦截的黑色守望便衣特工。走投无路的莫瑟摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。
莫瑟在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中操控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上莫瑟尸体之后对其外形及性格的模拟，游戏标题“原型体”也指的是他。至于前文提到ElizabethGreene等待的东西，即是“原型体”对她的释放。
这便是虐杀原形第一部的游戏背景。道云玩过的所有游戏中，这是第一部主角不是正义一方的游戏。算是给道云刷新三观的经典作品了吧。不过道云不打算进入这第一部的世界，因为要想在第一部中得到莫瑟的能力简直是痴心妄想。而第二部虽然并没有明说，但是从剧情中出现的那一群莫瑟的同伙可以看出，莫瑟在疯狂感染新成员，且成为他的感染体后，还是能够保留下意志的。他唯一错误估计的就是主角海勒的心理。最后居然死在了他的手里，不得不说是一种悲哀。
詹姆斯海勒是一名普通的特种士兵，他原本拥有一个幸福的家庭，然而这一切都在纽约市的病毒传播事件中被毁灭殆尽。几乎失去了一切的海勒在一次小队行动中遇到了前代主角艾力克斯莫瑟，小队的成员几乎全灭，莫瑟在唯一幸存的海勒身上注入了跟自己体内一模一样的病毒，使得海勒具有了与莫瑟不相上下的超能力。
当海勒再度醒来时，他发现自己已经变成了军方的重要试验品，上级想把他作为样品以研究莫瑟的超能力，困惑不解的海勒击败了军方放出的变异体并逃出了实验室。在路上他再次遇到了莫瑟，莫瑟告诉他迄今为止的所有事件全都是一支名为黑色守望的军事组织在从中作梗，莫瑟希望海勒能帮助自己一起对抗他们。然而海勒对莫瑟半信半疑，随后，自己的情报人古拉神父也证实了莫瑟的话，海勒开始利用自己的超能力一步步调查黑色守望和整个事件的真相。
随着调查的不断深入，海勒发现莫瑟的嫌疑越来越大，在吸收了一个名为科尼博士的变异体之后，海勒终于确定莫瑟才是病毒事件的真凶，莫瑟的真正目的，是创造和自己一样的变异人类，把他们训练为自己统治整座城市的得力部下！得知自己差点上当受骗的海勒怒不可遏，发誓要摧毁莫瑟的阴谋。
然而此时的莫瑟也发现了海勒的态度转变，并抢先一步杀害了海勒的重要同伴古拉神父，正当海勒悲痛不已的时候，他突然接到了一个陌生女子的电话，这个女人正是莫瑟的妹妹戴安娜，戴安娜愿意帮助海勒提供情报，她告诉海勒其实他的女儿并没有死，而是落到了黑色守望的手里，具体藏匿的地点和下落需要海勒自己去调查。为了自己的女儿，海勒重新振作了起来。
由于事态的不断恶化，黑色守望决定启动“火鹰计划”摧毁整个纽约市，以杀死150万平民的代价制止病毒的继续蔓延。一想到自己的女儿仍然被关在这个城市的某一个角落，海勒竭尽全力阻止了军方企图摧毁纽约的计划，保证了整个城市和自己女儿的安全。
为了救出女儿，海勒化身为一位名为莱利的中尉，从黑色守望的重要指挥官鲁克斯那里获取到了各种关于女儿的情报，就在海勒认为鲁克斯已经构成阻碍打算把他灭口的时候，在一次无意中听到的谈话中，海勒发现鲁克斯跟自己一样是一位有妻有女的父亲，心软的海勒因此放了鲁克斯一马。后来鲁克斯认为“莱利”玩忽职守，把装扮成莱利的海勒叫来训话，海勒露出真身。鲁克斯虽然对海勒的所作所为十分恼怒，一番挣扎后，还是决定将海勒的女儿偷偷地交还给他。然而就在这时Alex的部下突然闯进来将海勒的女儿再次劫走，莫瑟以此为要挟，约海勒在一处摩天大楼的直升机起降平台上见面。
在天台上，海勒见到了几近疯狂的莫瑟，莫瑟吸收了自己所有的部下，使自己的身体达到了极限状态，而海勒毫无惧色，一次又一次击退了莫瑟的攻击，最终，海勒斩断了莫瑟的双臂，并将他完全吸收。继承了莫瑟所有记忆的海勒释放出了惊人的力量，他的体内爆发出了无数触须，细长的触须在大街小巷四处延伸，几乎摧毁了城市里所有的变异体。
这便是虐杀原形2的基本剧情走向，海勒主要是为了查清事实真相和救出自己的女儿，才不断的探寻与成长的。莫瑟的属下拥有的能力虽然比海勒要强，但是他们拥有的能力都是固定的，无法提升，他们也不可能像海勒一样，去吸收自己的同伴。也就是说，海勒得到的，正是莫瑟特有的吸收能力。可以说海勒的成长是莫瑟一手造成的。
道云若是想获得这种能力，只有两个办法，第一，从莫瑟下手，取代海勒在莫瑟心中的地位。当初海勒执行任务之时，他的队伍全军覆没，只剩下他一个人，或许如此才勾起了莫瑟的某些源于母体的回忆。想到了希望镇的惨剧进而留下了海勒，还赋予了他能力。不过道云并不觉得这条路可行，毕竟莫瑟到底为何留下了海勒并没有答案。这么做太过冒险。
第二便是从海勒下手，混到他的身边。想办法弄到他的血液，注入自己的身体内。
至于如何接近海勒，道云的心中已经有了主意。
“这种能力虽然强，不过不知道对仙侠世界中的人物会不会有效，算了，先试试吧。”
打定主意。道云分出上清分身，化作华光消失在了原地。前往了虐杀原形二的世界中去了。