因此，需要学习的东西也特别多，同时，他还得处理如同雪花飘落的案宗，无奈之下，他只好请求猿飞日斩的帮助。
整整一年的时间，波风水门都在疯狂的学习着如何当一个火影，在他适应之后，才有了一些时间陪伴玖辛奈。
四十八年春，玖辛奈怀孕，全体高层进入了战备状态，都为玖辛奈这个尾兽人柱力的分娩，做好了万全的准备。
玖辛奈进入待产期之后，卡卡西和旗木新雨被临时任命为玖辛奈的护卫，任务是保护玖辛奈的安全，知道玖辛奈成功分娩。
而波风水门，也在多方商议之后，定下了孩子的名字，如果是男孩，就叫鸣人，如果是女孩，就叫鸣子。
鸣人是波风水门的老师，自来也写的第一本小说的主角名，给孩子取这个名字，也是希望自来也的愿望能够实现。
甚至，波风水门也偷偷的做了一个决定，孩子的姓氏，他的决定是漩涡，算是给玖辛奈的一个礼物。
“等第二个孩子出生，再让他跟我姓的也不晚。”
这是波风水门下了决定之后，寄给自来也信中的话，自来也已经离开了木叶村，在他见证自己的弟子成为火影之后，他也没有了遗憾。
决定游历忍界，一方面是寻找大蛤蟆仙人跟他说过的预言之子，另一方面，也是对弥彦、长门、小南的“死”抱有一丝希望。
木叶四十八年十月十日，漩涡鸣人出生，九尾之乱事件发生，村子里陷入了一片混乱，四代目火影波风水门为了村子和儿子，选择付出了自己的生命。
玖辛奈护卫旗木新雨和旗木卡卡西，因为波风水门的遗言，没有被追责，愤怒的猿飞日斩里里外外将木叶搜查了一遍。
连续几天的搜查，凶手没找到，倒是发现了一件让他不愿意面对的事情，他的弟子，三人之一大蛇丸，用木叶村民，作为他实验的素材。
是夜，猿飞日斩作为前火影，往大名府寄去了书信，之后带领忍者，亲自捣毁了大蛇丸实验窝点，大蛇丸从猿飞日斩手中逃离，成为木叶s级叛忍。
同时，牵连出了另一件大事，大蛇丸曾与根部首领志村团藏勾结，发现了大量志村团藏想要加害猿飞日斩和波风水门的秘密。
东窗事发的志村团藏，带领根部忍者突袭猿飞日斩，猿飞日斩身边暗部叛变，只有卡卡西冒死解决了暗部叛忍。
猿飞日斩出于大局没有选择追究志村团藏的过错，但是却从根部强行要走根部和大蛇丸的实验产物，木遁忍者甲。
卡卡西虽然救下了猿飞日斩，但是他和志村团藏的来往属实，虽然猿飞日斩赦免了卡卡西知情不报的罪，但是卡卡西也进入了考察期。
甚至村子中的舆论也开始来回反复，当年旗木朔茂的旧事也不断被翻起，旗木一族最年幼的忍者旗木新雨，为了赎旗木一族的“罪”，选择了进入暗部，于黑暗中耕耘。
而木叶村中舆论，也是在旗木新雨加入暗部之后，被重新上任的火影猿飞日斩一锤定音，旗木一族对木叶的忠诚，“无须任何怀疑！”
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